Die Gehälter von angestellten Ärzten in hausärztlichen Praxen orientieren sich meistens am Tarifvertrag der angestellten Klinikärzte. Dennoch sind sie frei verhandelbar und unterscheiden sich je nach Art und zeitlichem Umfang der Tätigkeit. Ist man mit einer eigenen Praxis selbstständig, gibt es grundsätzlich drei voneinander unabhängige Vergütungsbereiche.
Den größten Anteil der Einnahmen macht in der Regel das über die Kassenärztliche Vereinigung (KV) ausgezahlte Honorar für die Behandlung der gesetzlich Versicherten aus. Die Abrechnung der Leistung erfolgt auf der Basis des so genannten einheitlichen Bewertungsmaßstabes (EBM). Die Honorarverteilung der Kassenärztlichen Vereinigungen erfolgt nach einem komplizierten System, das letztlich auf einem Honorarbudget pro behandeltem Versicherten basiert. Dieses Budget (und damit der so genannte Fallwert pro Versichertem) schwanken. Die jährliche Steigerung des Honorarbudgets wird nach gesetzlichen Vorgaben durch die Vertragspartner auf Bundesebene, die KBV und dem Spitzenverband der Krankenkassen festgelegt. Bei Überschreitung des Honorarbudgets werden die erbrachten Leistungen nur noch zu einem Bruchteil bezahlt. Insgesamt ist das Honorarvolumen für die Behandlung gesetzlich versicherter Patienten damit sehr schwer kalkulierbar.
Ein zunehmend entscheidender Bestandteil des hausärztlichen Honorars sind die Umsätze aus Selektivverträgen (Hausarztverträge) nach § 73b SGB V. Dieses Honorarmodell baut überwiegend auf Pauschalen auf, die in festen Eurobeträgen definiert sind und ist dadurch einfach zu kalkulieren: Die hausärztliche Praxis erhält für alle erbrachten Leistungen eine entsprechende im Vertrag festgelegte Vergütung. Diese Vergütung liegt derzeit im Durchschnitt um etwa 30 Prozent höher als eine vergleichbare Honorierung durch die KV.
Das Honorar für privat versicherte Patienten wird dagegen nach der amtlichen Gebührenordnung für Ärzte (GOÄ) abgerechnet. Hier erfolgt die Abrechnung direkt mit dem Versicherten. Auch die Abrechnung so genannter individueller Gesundheitsleistungen (IGeL) erfolgt nach den GOÄ-Regelungen.
Ein Anhaltspunkt, mit welchen Verdienstmöglichkeiten Hausärzte in der Regel rechnen können, ist der Branchenreport der Sparkassen-Finanzgruppe von 2011. Danach liegen die durchschnittlichen jährlichen Einnahmen von Hausärzten in den neuen Bundesländern nach Abzug der steuerlichen Betriebsausgaben zum Beispiel bei 147.915 Euro, in den alten Bundesländern bei durchschnittlich 135.318 Euro. Von diesem Betrag sind noch die Einkommenssteuern und Beiträge zur Altersvorsorge abzuziehen.
Die Verdienstmöglichkeiten von Hausärzten können aber aufgrund verschiedener Faktoren stark variieren. Zum Beispiel sind die Praxisgröße, die betriebswirtschaftliche Führung oder die Form der Niederlassung für das Einkommen entscheidend.